游戏王被封印的记忆|移植版|

游戏开始于古埃及，王子阿图姆偷偷溜出王宫，前往决斗场与好友乔诺和蒂安娜见面。在那里，他们目睹了一场由法师举行的仪式，这场仪式比他们平常举行的更加黑暗。仪式结束后，阿图姆与其中一位阿图姆被一位名叫塞托的祭司击败。

回到宫殿后，他的导师兼顾问西蒙·穆兰立刻让他去睡觉。西蒙离开时，一名守卫告诉他，大祭司黑神已经入侵了宫殿，并使用了一种奇怪的魔法。穆兰开始寻找黑神。找到黑神后，黑神告诉他自己找到了黑暗力量，然后用千年权杖攻击穆兰。黑神找到阿图姆后，威胁说如果他不交出千年积木，就要杀死埃及国王和王后。穆兰出现在黑神身后，命令阿图姆砸碎积木。阿图姆照做了，穆兰将自己和阿图姆封印在积木中，等待有人重新组装它。

五千年后，武藤游戏重新组装了积木。他与积木中的阿图姆对话，阿图姆给了游戏六张空白卡片。游戏不知道这些卡片的用途，便带着它们参加了决斗大赛。在击败一位决斗者后，其中一张卡片被千年神器填满。游戏意识到这些卡片的用途后，完成了比赛，并将所有六张卡片都填满了千年神器。这使得阿图姆得以返回自己的时代。

回到自己的时代后，穆兰告诉阿图姆自从他被封印以来发生的一切。黑神和魔法师们利用千年神器控制了王国，而解放王国的唯一方法就是从守护它们的魔法师手中夺回神器。说完这些后，穆兰便去世了。

阿图姆追上城之内和蒂安娜后，前往被毁的宫殿进行搜寻。他找到了濑户，濑户给了他一张地图，上面标明了魔法师和千年神器的位置，并请求他击败魔法师。

阿图姆夺回了除一件以外的所有千年神器后，濑户带他找到了持有千年权杖的黑神。阿图姆击败了黑神，却发现塞特拥有千年权杖，他只是想利用阿图姆将所有千年神器集中到一处。阿图姆为了争夺千年神器与塞特决斗并最终获胜，但决斗结束后，黑神夺取了千年神器并用它们召唤出了暗夜魔灵。黑神原本希望用暗夜魔灵消灭敌人，但由于没有千年神器来证明自己的实力，暗夜魔灵反而将他变成了一张扑克牌。变成扑克牌的黑神遭到暗夜魔灵的嘲讽，随后被焚毁。阿图姆向暗夜魔灵展示了自己拥有千年神器，暗夜魔灵随即向他发起挑战。阿图姆击败了暗夜魔灵，暗夜魔灵变身成梦魇，再次向阿图姆发起挑战。阿图姆再次击败梦魇，梦魇不情愿地返回了原处。阿图姆最终登上王位，带领他的子民走向和平。