距离上次「巫女」与「妖怪之王」之间的对决已经过去数百年，随着妖怪之王的封印与巫女的死去，如今妖怪已经早已不再出现在世人面前，而过去那些唯一能与妖怪抗衡，能够使用特殊法术的人们，也将他们的力量展现在名为「神武祭」的新型比赛上，并宛如明星一般以选手的身分相互较劲。
然而，妖怪之王并非死亡。随着封印的逐渐弱化，躲藏于山林之中的妖怪们也开始躁动。
与此同时，身为这个时代的巫女，名为凛音的少女，也与自己的女仆一同转学到了专门培养选手的学校里就读。在这里认识新的伙伴与恋人的同时，凛音也将努力与妖怪们战斗，并逐渐了解到关于巫女的秘密。
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